La zona estuvo poblada por incas cuyas tierras pasaron en 1825 a monjes  dominicos. Desde finales del siglo XIX era uno de los centros de producción de cal y madera principalmente utilizados para construir en Quito viviendas. También se utilizaron después como potreros, para pastorear cabras y ovejas, y para la agricultura.

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En 1905, con la Revolución Liberal, la hacienda fue confiscada a los Dominicos para ser entregada a la Asistencia Social que, a su vez, la arrendó a particulares para que continuaran las explotaciones de cal, agrícolas y ganaderas.

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El 8 de enero de 1966 se declara Parque Nacional mediante Decreto Supremo No. 194. Fue el primero dentro del territorio continental del país. Posteriormente se cambió su categoría a la de Reserva Geobotánica mediante Decreto No. 2559 el 17 de febrero de 1978.

 

Los límites definitivos se establecen el 17 de abril de 1985 mediante Acuerdo Ministerial n.º 1276​, respetándose las tierras adjudicadas por el IERAC​.

 

Fue declarada como Reserva por su condición geológica y gran diversidad biológica con aproximadamente 2000 especies vegetales, gran diversidad de aves, mamíferos e insectos de exótica apariencia.